Mels Crouwel richtte samen met Jan Benthem in 1979 Benthem Crouwel Architects op nadat beiden aan de TU Delft hun architectuurstudie hadden afgerond. Na ruim veertig jaar hebben zij hun bureau inmiddels overgedragen aan de volgende generatie. In die vier decennia ontwierp Benthem Crouwel Architects niet alleen verschillende musea (oa het vernieuwde Anne Frank Huis en Stedelijk Museum), maar ook Schiphol (o.a. Plaza), de Noord-Zuid lijn en Rotterdam cs. Met datacenter AM4 aan de Amsterdamse A10 was het bureau genomineerd voor de Abe Bonnema Architectuurprijs 2019. Het bureau ontving verschillende prijzen, waaronder de BNA-Kubus en onlangs de Frans Banninck Cocqpenning voor de vele openbare gebouwen en voorzieningen die bepalend zijn voor het Amsterdamse stadsbeeld.
Van 2004 tot 2008 was Crouwel Rijksbouwmeester. Mels Crouwel is in 2024 toegetreden tot de jury.